Gåsholmens skogar är olikåldrig med stort inslag av död ved. Många arter trivs i denna miljö, som idag är relativt ovanlig i trakterna kring Uppsala. Den ovanliga rökpipsvampen har t ex en av sina rikligaste förekomster i landet i Gåsholmens naturreservat. Här finns även typiska skogsarter som tjäder, sparvuggla, slaguggla och tretåig hackspett.
Sjön Verlången som ingår till viss del i reservatet är en näringsrik brunvattensjö som omges av myrmarker. Hummus och torv från omkringliggande marker är det som färgar sjön brun. Under 1800-talet sänktes sjön, liksom många andra sjöar i Uppland.