Kalmarnäs har en spännande och omväxlande natur, typisk för Mälarlandskapets stränder och öar. Delar av området har tidigare utnyttjats för bete, slåtter och lövtäkt och i dessa områden hittar vi ekhagar och lundar med gamla, spärrgreniga jätteträd, främst ek, lind, tall och hassel.
Nära det gamla torpet Vattunöden ligger en lummig bäckravin med många grova ekar. Stora delar av skogsmarken domineras annars av en lövrik barrblandskog. Även dessa skogsmarker har ofta varit betade. I skogen står ibland gamla, grova ekar och andra träd som har vuxit upp i ett öppnare beteslandskap.
Området har höga naturvärden. Här finns många sällsynta, krävande och hotade arter. Många arter är knutna till gamla träd och död ved. Här finns bland annat en rik lavflora och många vedlevande skalbaggar. I området finns ca 90 häckande fågelarter och fiskgjuse och havsörn syns ofta.